Zen et religion entretiennent des liens subtils. Le zen peut être considéré à la fois comme une religion et comme quelque chose d’au-delà de la religion.
D’une part, il partage certains aspects des religions traditionnelles, comme des cérémonies, des préceptes et une perception de la connexion universelle des choses, ce qui correspond à la définition de la religion comme « prendre conscience de la connexion universelle de toutes les choses entre elles ». Le bouddhisme mahayana, dont le zen fait partie, est aussi décrit comme une religion universelle apparue après la mort du Bouddha.
D’autre part, le zen se distingue des religions classiques par son absence de dogmes et son approche basée sur l’expérience directe du zazen. Contrairement aux religions qui imposent des règles strictes et s’appuient sur la peur pour contrôler les désirs, le zen considère l’ignorance comme une simple rosée qui disparaît avec la lumière de la conscience. Il ne cherche pas non plus un Dieu extérieur ou une illumination mystique, mais plutôt la réalisation de la nature profonde de l’esprit.
Ainsi, le zen n’est pas une religion au sens dogmatique du terme, mais il est une voie de transformation intérieure qui peut être perçue comme une forme de spiritualité libératrice, voire comme une « vraie religion » en tant qu’émancipation véritable.